Fakultas Tarbiyah bermula dari gagasan awal dari para pemuka (tokoh) Islam di Malang antara lain Mr. Moch. Koesnoe, KH. Achmad Ghozali, Kapten KH. Oesman Mansoer, A. Rahman Syihab, dan Moch. Dawam Abd. Ghoni. Pada tanggal 1 Januari 1959 berdasarkan rapat para tokoh ulama tersebut, berhasil dibuka sebuah Perguruan Tinggi Agama Islam wasta dengan nama Akademi Pendidikan Ilmu dan Agama Islam (APIAI) yang langsung di bawah pengawasan PP.LP Ma`arif.
Kemudian pada tahun 1961 setelah diselenggarakan kongres antar senat fakultas di lingkungan Universitas NU, APIAI dirubah menjadi Fakultas Tarbiyah Wa Ta`lim Universitas NU dengan Surat Keputusan PPLP Ma`arif tertanggal 08 Juni 1961 No. 220/Kpts/Mrf/VI/1961. Selanjutnya pada tanggal 12 Januari 1963 dalam Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia No. 16/1963 dinyatakan bahwa Ijazah Sarjana Muda Fakultas Tarbiyah Wa ta`lim Universitas NU (FTT-UNU) diakui sama dengan ijazah sarjana muda Fakultas Tarbiyah IAIN yang berdiri tahun 1961 di Malang.
Setelah mengalami pasang surut, pergantian pimpinan dan perpindahan kampus (tempat) dari jalan Celaket 10 ke tempat baru di Jalan MT. Haryono 193 Malang pada tahun 1968, maka pada tahun 1971 FTT-UNU berganti nama dengan Fakultas Tarbiyah Universitas Sunan Giri (UNSURI) Malang.
Sejak yayasan Universitas Sunan Giri Malang (UNISMA) berdiri pada tanggal 27 Maret 1981, maka pada gilirannya Fakultas Tarbiyah UNSURI menyatu dengan UNISMA dan menjadi Fakultas Tarbiyah di UNISMA. Kemudian pada tanggal 31 desember 1988 Fakultas Tarbiyah Malang yang telah menjalankan Program S-1 dengan jurusan Pendidikan Agama Islam menerima Status DIAKUI dengan SK Menteri Agama RI Nomor 220/1988. Dan pada tahun 1991 status Program Studi Pendidikan Agama Islam meningkat menjadi disamakan. Status tersebut bertahan hingga tahun 1997. Karena pada tahun itu pula diajukan akreditasi ke BAN-PT, hingga pada tahun 1998 status Program Studi PAI menjadi terakreditasi dengan kualifikasi C berdasar SK BAN PT Nomor: 01968/1998